保证合同是主合同的从合同，以主合同的存在为前提，随主合同的消灭而消灭。但保证合同仍具有一定独立性，保证合同可以约定保证债务仅担保主合同债务的一部分，可以有自己独立的变更或消灭原因，当事人还可以单就保证法律关系形成诉讼，故《规定》将之作为一个独立的第三级案由。在确定案由时需要注意，当事人同时就主合同和保证合同提起诉讼的，应以主合同确定案由，不再列保证合同纠纷。

保证合同纠纷案件，按照合同纠纷案件的一般管辖原则，由被告人住所地或者保证合同履行地人民法院。

在适用本案由时，要注意其与物的担保合同发生的纠纷相区别。保证合同是人的担保，由保证人对债务人履行债务进行担保，而抵押合同、质押合同等则是以物品对债务进行担保，属于物的担保。

在适用本案由时，还要注意的是，若当事人就主合同和保证合同同时提起诉讼，应该以主合同的类型确定案由，不应该适用本案由。