实践中大量产生两地法院分别将同一法律纠纷认定为本案由和承揽合同纠纷，借此争夺管辖权并适用不同法律规定审理的问题。如近些年多发的农村建房合同纠纷，一直存在应将案由定为建设工程合同纠纷还是承揽合同纠纷的争论。本案由规定将农村建房施工合同纠纷单列在本案由项下，意味着将农村建房合同明确界定为建设工程合同。  

从广义上看，建设工程合同是承揽合同的一种，是特殊的承揽合同。因此，《合同法》第287条规定，法律对建设工程合同没有特别规定的，适用承揽合同的有关规定。

建设工程合同纠纷案件的管辖特殊，只由建设工程合同履行地人民法院管辖。关于建设工程合同的履行地，以施工行为地为准。

在适用本案由时，要注意其与承揽合同纠纷的区别。建设工程合同属于一种特殊的承揽合同，由于其特殊性，《民事案件案由规定》将其列为一个单独的案由，并在其下列了九个四级案由，属于那九个四级案由的，不适用承揽合同纠纷这一案由。