处理海上、通海水域打捞合同纠纷的法律依据主要是《合同法》的相关规。同时《中华人民共和国打捞沉船管理办法》、《关于外商参与打捞中国沿海水域沉船沉物管理办法》等法律、法规也是重要依据。在实践中，当打捞合同具有涉外因素时，法院首先要审查合同双方当事人是否协议选择了法律适用法，只有排除适用国际公约、国际惯例和外国法的情况下，才可以将我国法律作为准据法予以适用。