证券交易代理合同纠纷属于合同纠纷，该类纠纷案件的管辖适用合同纠纷案件的管辖的一般原则，根据《民事诉讼法》第 21条的规定，由被告住所地或者合同行地人民法院管辖。

在适用本案由时要注意与“证券交易合同纠纷”区别，证券交易代理合同纠纷的当事人双方是投资者与证券公司，而证券交易合同纠纷是投资者之间因证券交易合同而产生的纠纷。