证券托管纠纷属于合同纠纷，该类纠纷案件的管辖适用合同纠纷案件的管辖的一般原则，根据《民事诉讼法》第23条的规定，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。该类纠纷的合同履行地应该是托管行为的实施地，即证券公司营业部从事托管行为所在地。

在适用本案由时，应当注意与证券存管纠纷的区别。证券托管一般指投资者将持有的证券委托给证券公司保管，并由后者代为处理有关证券权益事务的行为。证券存管一般指证券公司进而将投资者交给其持有的证券以及自身持有的证券统一送交给中央证券存管机构保管，并由后者代为处理有关证券权益事务的行为。在账户记录上，中央证券存管机构一般以证券公司为单位，采用电脑记账方式记载证券公司送存的证券；证券公司也采用电脑记账的方式记载投资者送存的证券。对存管后的证券，实行非流动性制度。对股权、债权变更引起的证券转移，不签发实物证券，而通过账面予以划转。可见，证券存管法律关系的主体是中央证券存管机构和证券公司，而证券托管法律关系的主体是投资者（客户）与证券公司。