由于客户交易结算资金纠纷主要是因证券公司挪用客户交易结算资金而产生的违约纠纷和侵权纠纷。因此，在处理该类纠纷时，属于合同纠纷的，根据《民事诉讼法》第23条的规定，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖；属于侵权纠纷的，根据《民事诉讼法》第28条的规定，由侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖。