在2008年《规定》中，在生命权、健康权、身体权纠纷第三级案由之下，设有水上运输人身损害赔偿纠纷第四级案由。本《规定》在原有规定的基础上，进行适当修正，将水上运输损害责任纠纷作为第三级案由，之下设水上运输人身损害责任纠纷和水上运输财产损害责任纠纷2个第四级案由。在适用时应注意与海事海商纠纷第二级案由项下的海上、通海水域人身损害责任纠纷和海上、通海水域财产损害责任纠纷的区别，海事海商纠纷案由仅适用于海事法院专属管辖的案件，而水上运输损害责任纠纷则适用于普通法院管辖的侵权案件。

水上运输损害责任纠纷案件的管辖，适用《民事诉讼法》第28条的规定，即由侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖。根据《最高人民法院关于适用＜中华人民共和国民事诉讼法＞若干问题的意见》第28条的规定，侵权行为地包括侵权行为实施地、侵权结果发生地。

在适用本案由时，要注意区分海事海商纠纷案由的区别。海事海商纠纷案由仅适用于海事法院专属管辖的案件；而水上运输损害责任纠纷适用于普通法院管辖的侵权案件。

对于责任明确、原告主张的损失金额确定的水上运输损害责任纠纷案件，标的额为各省、自治区、直辖市上年度就业人员年平均工资30％以下的，根据《民事诉讼法》第162条的规定，应适用小额诉讼程序进行审理。