债券质权作为质权的一种，其实现应当适用《担保法》第71条第2款的规定，即动产质权的行使方法：债务履行期届满质权人未受清偿的，可以与出质人协议以质物折价，也可以依卖拍卖，变卖质物。　

但债券质权因其标的为财产权利而非有体物，对财产权利的处分因其性质的差别而有与动产质权不同的处分方法。因此，债券质权的行使方法有其特殊性，主要表现在，债券质权的质权人，可以直接请求出质债权的债务人为给付，这是债券质权实现的基本形式。当质权人直接请求出质债券的债务人为给付义务时，该债务人负有向质权人履行债务给付的责任。但为保证债权质权行使的公正，根据《合同法》规定：债权人转让权利的，应当通知债务人、未经通知，该转让对债务人未发生效力，因此在债券出质时，应当通知债券的债务人；质权人行使质权时，出质债权质权的出质人也应通知债券的债务人，只要质权人行使质权符合上述条件，债券的债务人应向质权人履行。如果设质情况没有通知出质债券的债务人，其质权对出质债券的债务人不发生效力，债务人向其债权人履行义务后免除了对质权人的义务。  

若出质债券的债务人知道设质情况后，质权人向出质人、出质债券的债务人行使质权时，出质人、出质债券的债务人拒绝的，质权人可以起诉出质人和出质债券的债务人，也可以单独起诉出质债券的债务人。