存单质权一般通过当事人之间签订存单质押合同并经依法登记而成立，发生在存单质押当事人之间的质权纠纷的基础关系是存单质押合同，此类案件的管辖一般应依照存单质押合同纠纷的管辖确定管辖法院。对于与第三人之间就存单质权发生的纠纷，其管辖可以依据质押标的物的性质和产生纠纷的基础法律关系来确定管辖。