在大部分情况下，仓单质押业务发生在银行、货主和仓储企业三方之间，因为涉及银行的业务，故金融行业制定了一系列较为详细规范的操作程序。  

第一步、银行与借款人（货主）签订《银行与企业合作协议》、《账户监管协议》，规定双方在合同中应履行的责任。借款人根据协议要求在银行开立监管账户。仓储企业、货主和银行签订《仓单质押贷款三方合作协议书》，同时仓储企业也必须与银行签订《不可撤销的协助行使质押权保证书》，确定双方在合作中各自应履行的责任。  

第二步、货主按照约定数量送货到指定的仓库，合同约定的仓储企业在接到收货通知后，派出专员验货确认后由仓储企业开立专用的仓单。货主同时向指定保险公司申请办理仓储货物保险，并指定第一受益人为银行。货主在收到仓单后，作质押背书，并交由仓储企业注册登记后，货主交付银行提出仓单质押贷款申请。  

第三步、银行审核后(主要包括货物的品种、规格、数量、质量等)，签署《贷款合同》和《仓单质押合同》，按照仓单价值的一定比例放款至货主在银行开立的监管账户。  

第四步、货物质押期间，仓储企业按合同规定对质押品进行监管，严格按三方协议约定的流程和认定的进出库手续控制货物，物流企业只接收银行的出库指令。  

第五步、如果贷款期内需要对货物实现正常销售时，货主必须将货款全额划入监管账户，银行根据到账金额开具分提单给货主，仓库按约定要求核实后发货。贷款到期归还后，余款可由货主自行支配。  

第六步、若借款人违约或者质押品价格下跌，借款人又不及时追加保证金的，银行有权处置质押物，并将处置命令下达给仓储企业。仓储企业在接受到处置命令后，根据货物的性质对其进行拍卖或者回购，来回笼资金。