海上,通海水域货物运输合同纠纷是因合同的订立 ,履行、变更和终止而产生的纠纷，因此该类纠纷提起的诉讼，由运输始发地、目的地或者被告住所地及转运港所在地海事法院管辖。

适用本案由时，应注意海上、通海水域货物运输合同纠纷与海上、通海水域财产损害责任纠纷的区别。海上、通海水域货物运输合同纠纷的客体是托运人委托承运人运送的货物，海上、通海水域财产损害责任纠纷的客体是他人的船舶、货物及其他财产。前者是当事人双方因合同的订立、履行、变更和终止而产生的纠纷，后者是船舶在航行或进行生产作业时对他人的财产造成损失而产生的纠纷。

根据我国《海商法》的规定，海上货物运输合同纠纷的形态还应当包括集装箱运输合同纠纷、航次租船合同纠纷和多式联运合同纠纷。

我国《海商法》中规定通海水域货物运输合同纠纷，还包括货损货差、货物灭失、货物交付以及运费、运输单证、班轮运输等纠纷，此类纠纷也应当适用我国《合同法》《水陆运输管理条例》中有关货物运输的规定。