保赔合同具有保险合同的性质，但又有所区别，故其管辖的海事法院与海上、通海水域保险合同也有区别。根据《海事诉讼特别程序法》第6条第2款第（4）项和《最高人民法院关于适用＜中华人民共和国海事诉讼特别程序法＞若干问题的解释》的规定，因海上、通海水域保赔合同纠纷提起的诉讼，由保赔标的物所在地、事故发生地、被告住所地海事法院管辖，其中保赔标的物所在地指保赔船舶所在地。

在适用本案由时，应注意海上、通海水域保赔合同与海上、通海水域保险合同的区别。保赔合同是船东自己组织起来利用自己的力量分担自己船舶的潜在风险，船东既是投保人又是承保人；保险合同中一方提出保险要求，一方同意承保，双方就合同条款达成协议，合同即告成立。保赔合同就是保赔保｝命合同，保险合同一与保赔保险合同是包容与被包容的关系。