中外合作经营企业合同纠纷虽涉及外国投资者，但是依据《民事诉讼法》第266条的规定，在中华人民共和国履行中外合作经营企业合同发生纠纷提起的诉讼，由中华人民共和国人民法院管辖。因此，按照《民事诉讼法》第23条的规定，该类纠纷案件由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。

在适用本案由时，要注意其与中外合资经营企业合同纠纷的不同。中外合作经营企业与中外合资经营企业的主要区别在于：中外各方的投资一般不折价计算投资比例，利润也不按出资比例分配，各方的权利义务都在合作各方签订的合同中确定。中外合作经营企业既可组成具有法人资格的企业组织，也可组成非法人资格的企业组织，而中外合资企业的组织方式为有限责任公司。