在实践中，证券权利确认纠纷主要有：

（1）股票权利确认纠纷，是指股东与股东之间或股东与公司之间就股份是否存在以及持有多少比例发生争议而引起的纠纷。可分为三种类型：股东与股东之间因隐名出资而发生的股权确认纠纷；股东与股东之间因股权转让产生的股权确认纠纷；股东与公司之间的股权确认纠纷。

（2）公司债权权利确认纠纷，是指当事人之间因确认公司债券权利的归属而产生的纠纷

(3)国债权利确认纠纷，是指当事人因国库券的权利归属发生争议产生的纠纷。

(4)证券投资基金权利确认纠纷，是指当事人之间对基金份额产生争议引发的纠纷。