在实践中，证券交易合同纠纷主要有：

(1)股票交易纠纷，是指当事人在股票交易市场因股票买卖、转让等产生的纠纷。股票市场可分为股票发行市场（一级市场）和股票交易市场（二级市场），股票交易市场是对已经发行的股票进行买卖、转让的法定场所。

(2）公司债券交易纠纷，是指当事人之间因公司债券的买卖、转让、质押等产生的纠纷，公司债券可分为记名公司债券和无记名公司债券。

(3)国债交易纠纷，是指当事人之间因买卖、转让已经发行的国债而产生的纠纷。国债可分为凭证式国债和记账式国债。凭证式国债是通过银行系统发行的，由财政部和中国人民银行确定利率的国家储蓄债；一记账式国债通过证券交易市场买卖流通，利率由国债承购包销团成员投标确定。

(4)证券投资基金交易纠纷，是指当事人因证券投资基金的买卖、转让等产生的纠纷。根据基金是否可增加或赎回，可分为开放式基金和封闭式基金。开放式基金可通过基金管理人随时赎回或发行新的基金份额；封闭式基金在发行完毕和规定时期内的基金规模是固定不变的，且不允许投资者随时赎回。