侵害集体经济组织成员权益纠纷要区分权益受侵害的具体情形确定管辖。对于集体经济组织以及组织内部的人员侵害集体成员合法权益时，受侵害的集体成员向人民法院请求撤销的纠纷，集体经济组织成员知情权纠纷，由集体经济组织所在地人民法院管辖。对于其他经济组织成员之间权益纠纷，组织之外的人侵害成员权益纠纷，按照产生纠纷的基础法律关系确定管辖。

适用本案由时，要注意其与土地承包经营权纠纷以及土地承包合同纠纷的区别。通常而言，土地承包经营权纠纷要以土地承包经营权存在为前提，而土地承包合同纠纷也必然是针对上地承包合同关系而产生的纠纷。本案由则可以适用上述两个案由不能容纳的涉及土地承包的民事纠纷，如对集体组织发包的方案不服而提起的诉讼等。

在适用本案由时，要注意其与承包地征收补偿费用分配纠纷的区别。土地承包经营权人承包的土地被征收，但其对征收补偿费用分配不服发生纠纷的，应适用承包地征收补偿费用分配纠纷案由。对未发包的土地被征收后集体经济组织成员对土地补偿费用分配不服提起的诉讼，或者承包人之外的其他集体经济组织成员对承包地征收后的补偿费用分配不服引发的纠纷，应适用本案由。