捕捞权纠纷一般应由捕捞地人民法院专属管辖。因捕捞权转让、抵押、继承、出租等引起的纠纷，区别产生纠纷的基础法律关系依照《民事诉讼法》的相关规定确定管辖。

在适用本案由时，尤其要注意区分其与养殖权纠纷的区别。养殖权是对特定水域、滩涂的使用和经营的权利，而捕捞权是在我国内水、滩涂、海域从事捕捞水生动物和植物的权利。

国家对捕捞权实行许可制度，故其取得、行使、转让等过程中涉及具体行政行为，因此，在适用该案由时，要注意区分所涉案件是否属于民事案件。