在实践中，保证合同纠纷主要有：

(1)一般保证合同纠纷，是指当事人之间就达成的保证人只在主债务经审判或仲裁并就债务人财产依法强制实行后仍不能还清债务时才承担保证责任的保证合同产生权利义务纠纷。

(2)连带保证合同纠纷，是指当事人之间就达成的保证人与债务人承担连带保证责任的保证合同产生的权利义务纠纷。

(3)共同保证合同纠纷，是指当事人之间就达成的多个保证人为债务人的债务提供担保的保证合同产生的权利义务纠纷。