在实践中，证券回购合同纠纷主要有：

(1)股票回购合同纠纷，是指股票持有人与买受人之间因股票回购合同的成立、履行、内容等发生的各种纠纷。一般表现为上市公司通过二级市场买回之间股票的行为。

(2）国债回购合同纠纷，是指国债持有人与买受人因国债回购合同的成立、履行、内容等发生的各种纠纷。

(3）公司债券回购合同纠纷，是指公司证券持有人与买受人因公司证券回购合同的成立、履行、内容等发生的各种纠纷。

(4）证券投资基金回购合同纠纷，是指证券投资基金持有人与买受人因证券投资基金回购合同的成立、履行、内容等发生的各种纠纷。

(5）质押式证券回购纠纷，是指质押式证券持有人与买受人因质押式一证券回购合同的成立、履行、内容等发生的各种纠纷。