证券回购合同纠纷案件的管辖适用《民事诉讼法》第23条规定的因合同纠纷案件的一般管辖原则。《最高人民法院关于如何确定证券回购合同履行地问题的批复》（法复[1996]第9号）对此进行了进一步的细化，规定：凡通过证券交易所进行的证券回购交易产生的纠纷，证券交易所所在地或者被告所在地人民法院有管辖权；对未通过交易所进行的回购交易产生的纠纷，最初付款方（返售方）所在地或者被告所在地的人民法院有管辖权。