根据《民事诉讼法》第23条、第28条以及《最高人民法院关于审理期货纠纷案件若干问题的规定》第4,5,7条的规定，侵占期货交易保证金纠纷案件，由被告住所地、合同履行地或者侵权行为地人民法院管辖；在期货公司的分公司、营业部等分支机构进行期货交易的，该分支机构为合同履行地；侵权与违约竞合的期货纠纷案件，依当事人选择的诉由确定管辖。当事人既以违约又以侵权起诉的，以当事人起诉状中在先的诉讼请求确定管辖；期货纠纷案件由中级人民法院管辖，高级人民法院根据需要可以确定部分基层人民法院受理期货纠纷案件。根据《最高人民法院关于审理期货纠纷案件若干问题的规定（二）》第1条的规定，以期货交易所为被告或者第三人的因期货交易所履行职责引起的商事案件，由期货交易所所在地的中级人民法院管辖。

在适用本案由时，要注意以下几点：(1)期货公司侵占客户期货交易保证金的行为，侵犯的是客户对保证金的支配权，是一种非法占用客户资金的侵权行为。(2)期货公司挪用保证金的行为同时又属于违约行为，是民事侵权行为与违约行为的竞合，当事人既可以提侵权之诉也可提违约之诉。。(3)我国法律规定了期货公司侵占期货交易保证金的行政责任和民事责任，随着我国期货市场法制的健全，可将侵占期货保证金作为一种犯罪行为进行处罚。