由于合同标的物所涉专利权的特殊性，最高人民法院对专利合同纠纷管辖作出了特殊规定，即知识产权案件的受理必须遵守司法解释关于指定管辖和级别管辖的相关规定。

《最高人民法院关于审理专利纠纷案件适用法律问题的若干规定》第2条定：“各省、自治区、直辖市人民政府所在地的中级人民法院和最高人民法院指定的中级人民法院可以受理专利纠纷第一审案件。”

另外，在确定专利合合同纠纷案件的管辖时要注意，其中的专利权转让合同纠纷、专利申请权转让合同纠纷，应当作为专利纠纷案件由具有专利案件管辖权的中级人民法院受理。专利实施许可合同纠纷则应当按照《最高人民法院关于审理技术合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第43条第1, 2款的规定确定管辖。专利代理合同纠纷案件的管辖，司法解释并末作出明确规定，鉴于其专业性较强，可以作为《最高人民法院关于审理专利纠纷案件适用法律问题的若干规定》第1条第（16）项规定的“其他专利纠纷案件”，即由具有专利案件管辖权的中级人民法院受理为宜。

在适用本案由时，要注意其与著作权合同纠纷的不同。（见“著作权合同纠纷”案由的“适用本案需注意的问题”部分）根据《合同法》第355条和《技术进出口管理条例》第2条的规定，涉及技术跨境转移的涉外专利权转让、专利申请权转让和专利实施许可合同纠纷，案由应当确定为技术进口合同纠纷或技术出口合同纠纷。

专利代理合同在本质上属于服务合同，但是由于专利代理本身的技术性和特殊性以及有关纠纷涉及市理的专业性，《最高人民法院关于审理专利纠纷案件适用法律问题的若于规定》将这类合同纠纷统一归入知识产权纠纷案由《专利代理条例》第2条规定：“本条例所称专利代理是指专利代理机构以委托人的名义，在代理权限范围内，办理专利申请或者办理其他专利事务。”凡是专利代理机构与委托人发生的需要适用该条例处理的合同纠纷，均应当作为专利代理合同纠纷确定案由。