确认不侵害知识产权纠纷，在性质上属于侵权纠纷。故该类纠纷案件的管辖，按照一般侵权纠纷案件的管辖原则，由侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖。侵权行为地，包括侵权行为实施地和侵权结果发生地。对于确认不侵害知识产权纠纷案件的级别管辖，虽然日前并无明确的法律和司法解释规定，但作为知识产权案件的一种，该类纠纷案件应由中级以上人民法院和经最高人民法院批准具有知识产权案件管辖权的基层人民法院管辖。在适用本案由时，要注意其与知识产权侵权纠纷的区别。两者区别主要是知识产权侵权纠纷的原告是知识产权权利人，而确认不侵害知识产权纠纷案件的被告是知识产权权利人，且是由于权利人并末在合理期限内依照法定程序请求人民法院解决有关纠纷，涉嫌侵害权利人专有知识产权的一方才提起诉讼。确认不侵害知识产权纠纷是一种消极的确认之诉，而知识产权仗权纠纷是积极确认之诉。