公司合并是指两个或两个以上公司依照法定的条件和程序，合并为一个公司的行为。公司合并包括吸收合并和新设合并两种形式。吸收合并又称归并，是指一个以上的原有公司并人现存公司，被吸收的公司消灭。新设合并是指两个以上原有公司合并设立一个新的公司，原有公司消灭。公司合并是企业调整经营战略、实现规模经济的重要手段。
公司合并主要产生两个方面的法律后果：一是公司组织结构的变化；二是权利义务的概括转移。首先，公司合并必然导致一个或一个以上的公司的消灭，此种公司消灭不需经过清算程序。同时，吸收合并中的吸收公司继续存在，但发生了变化；新设合并中产生了新的公司。其次，公司合并的结果导致了存续公司或者新设公司承受被合并公司的债权债务。
由于公司合并产生上述法律效果，因此涉及多家公司股东及债权人的利益，为了防止公司合并而侵害中小股东或债权人的利益，《公司法》规定了公司合并的严格程序。公司合井需要由合井各方签订合并协议，经过股东会决议通过，编制资产负债表及财产清单，并应通知或者公告债权人，最终履行相应的登记程序。
如果公司合并没有依照合并协议进行，或者违反了法律、行政法规的强制性规定，则会引发纠纷。公司合并纠纷中比较常见的甚公司合并无效纠纷，如公司股东认为公司合并决议未经股东会通过，或者债权人认为公司合并过程中公司未履行通知义务，或者被合并的公司没有清偿债务或者提供相应的担保，或者有其他违反法律或行政法规之情形，而提起的公司合并无效之诉。常见的合并无效原因主要有合并协议无效、合并决议瑕疵、合并违反债权人保护程序等。
近年来，公司合并频繁发生，因公司合并发生的纠纷也日益增多，《规定》将公司合并纠纷列为第三级案由。
因公司合并纠纷提起的诉讼，原则上以《民事诉讼法》中管辖的相关规定为基础，但要综合考虑公司所在地等因素来确定管辖法院。
若债权人并不主张公司合并无效，而只是向合并后的公司主张债权的，这类纠纷不属于公司合并纠纷，而属于普通的债权债务纠纷。
《公司法》(2006年1月1日起施行）
第三十八条股东会行使下列职权：
（一）决定公司的经营方针和投资计划；
（二）选举和更换非由职工代表担任的董事、监事，决定有关董事、监事的报酬事项；
（三）审议批准董事会的报告；
（四）审议批准监事会或者监事的报告；
（五）审议批准公司的年度财务预算方案、决算方案；
（六）审议批准公司的利润分配方案和弥补亏损方案；
（七）对公司增加或者减少注册资本作出决议；
（八）对发行公司债券作出决议；
（九）对公司合并、分立、解散、清算或者变更公司形式作出决议；
（十）修改公司章程；
（十一）公司章程规定的其他职权。
对前款所列事项股东以书面形式一致表示同意的，可以不召开股东会会议，直接作出决定，并由全体股东在决定文件上签名、盖章。
第一百条 本法第三十八条第一款关于有限责任公司股东会职权的规定，适用于股份有限公司股东大会。
第一百七十四条 公司合并，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保。
第一百七十五条 公司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。
因公司合并纠纷提起的诉讼，应以《民事诉讼法》规定的关于地域管辖的一般原则为基础，并结合《民事诉讼法》第26条的规定综合考虑确定管辖法院。
在适用本案由中，比较常见的是公司合并无效纠纷，如公司股东认为公司合并协议未经股东会通过等情形而提起的公司合并无效之诉。若债权人不主张公司合并无效而只是向合并后的公司主张债权的，则不适用本案由纠纷，应适用普通的债权债务纠纷。
