证券登记，是指证券登记结算机构接受证券发行人的委托，通过设立和维护证券持有人名册确认证券持有人持有证券事实的行为。证券登记结算机构应当与委托其办理证券登记业务的证券发行人签订证券登记及服务协议，明确双方的权利义务。证券登记以发行人和投资者之间建立的法律关系为基础，在这种法律关系中，投资者是发行人的股东或债权人。证券登记一般由专门机构完成，称为证券登记机构。
证券托管，是指证券公司接受客户委托，代其保管证券并提供代收红利等权益维护服务的行为。客户与证券公司为上述事宜签订的协议，称为证券托管协议。证券存管，则是指证券登记结算机构接受证券公司委托，集中保管证券公司的客户证券和自有证券，并提供代收红利等权益维护服务的行为。
证券结算，是指清算和交收。证券结算是一项证券交易最终完成所不可或缺的环节。清算一般有三种含义，一是指公司、企业结束经营活动，收回债务，处置分配资产等行为的总称，比如公司法和破产法中的清算，绝大多数就是这一含义；二是指银行同业往来中，应收和应付的札记及资金汇划，这种意义上的清算非常专门化和技术化，具有特定的使用范围；三是指一定经济行为引起的货币资金关系的应收、应付计算，这种意义上的清算使用范围较广。
在实践中，证券登记、存管、结算纠纷主要有：
(1)证券登记纠纷，是指证券登记协议当事人之间因证券登记协议的订立、履行等发生的各种纠纷。表现为证券登记结算机构的工作人员违章操作、恶意修改系统数据等行为。
(2)证券存管纠纷，是指证券登记结算机构与证券公司之间因证券存管协议的订立。履行等发生的各种纠纷。
(3)证券结算纠纷，是指证券结算协议的当事人之间因协议的订立、履行等发生的各种纠纷，其中又表现为证券清算、交割、交收过程中的各种纠纷。
《证券登记结算管理办法》（中国证券监督管理委员会令第65号2009年11月20日修改后施行）
第二十六条 上市证券的发行人，应当委托证券登记结算机构办理其所发行证券的登记业务。
证券登记结算机构应当与委托其办理证券登记业务的证券发行人签订证券登记及服务协议，明确双方的权利义务：
证券登记结算机构应当制定并公布证券登记及服务协议的范本。
证券登记结算机构可以根据政府债券主管部门的要求办理上市政府债券的登记业务。
第三十四条 投资者应当委托证券公司托管其持有的证券，证券公司应当将其自有证券和所托管的客户证券交由证券登记结算机构存管，但法律、行政法规和中国证监会另有规定的除外。
第三十五条 证券登记结算机构为证券公司设立客户证券总账和自有证券总账，用以统计证券公司交存的客户证券和自有证券。
证券公司应当委托证券登记结算机构维护其客户及自有证券账户，但法律、行政法规和中国证监会另有规定的除外。
第四十一条 证券公司参与证券和资金的集中清算交收，应当向证券登记结算机构申请取得结算参与人资格，与证券登记结算机构签订结算协议，明确双方的权利义务。
没有取得结算参与人资格的证券公司，应当与结算参与人签订委托结算协议，委托结算参与人代其进行证券和资金的集中清算交收。
证券登记结算机构应当制定并公布结算协议和委托结算协议范本。
《证券法》(2006年1月1日起施行）
第一百五十五条 证券登记结算机构是为证券交易提供集中登记、存管与结算服务，不以营利为目的的法人。
设立证券登记结算机构必须经国务院证券监督管理机构批准。
第一百五十六条 设立证券登记结算机构，应当具备下列条件：
（一） 自有资金不少于人民币二亿元；
（二）具有证券登记、存管和结算服务所必须的场所和设施；
（三）主要管理人员和从业人员必须具有证券从业资格；
（四）国务院证券监督管理机构规定的其他条件。
证券登记结算机构的名称中应当标明证券登记结算字样。
证券登记、存管、结算纠纷属于合同纠纷，该类纠纷案件的管辖适用合同纠纷案件的管辖的一般原则，根据《民事诉讼法》第23条的规定，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
在适用本案由时，应当注意证券存管纠纷与证券托管纠纷的区别。（见“证券托管纠纷”中的相关部分。）
