检疫行政命令，是指具有法定职权的检疫行政部门在进行检疫行政管理的过程中，依职权单方作出的意思表示，从而对下级行政机关及其工作人员或者行政相对人发生强制拘束力的行政行为。在行政管理过程中，上级以行政命令形式对下级作出的指示，如果产生了直接的、外部的法律效果，当事人不服提起行政诉讼的，人民法院应当受理。特征：
（1）检疫行政命令行为的主体是具有检疫行政管理职权的行政主体。检疫行政命令是行政主体行使权力的一种方式，无论是在行政机关自身的运作过程中，还是在行政机关对社会的管理过程中，行政命令均广泛存在。作为一种国家命令，行为主体的特定性使行政命令区别于其他国家机关、企事业单位的命令性行为。
（2）检疫行政命令是检疫部门行使职权的行为，内容涉及处理行政系统的内部关系以及行政主体与行政相对人的外部关系，即对下级机关及其人员的指示，或者对行政相对人设定作为或不作为的义务。
（3）检疫行政命令式检疫行政部门基于单方意思表示而实施的行政行为，行政主体在作出此种意思表示时无需所针对的对象同意。
（4）检疫行政命令既可以是针对不特定的多数人的抽象规定，具有普遍约束力，也可以是针对特定相对人的具体处理决定，仅对所针对的相对人有拘束力。
（5）检疫行政命令对所针对的对象具有强制力，即所针对的对象必须无条件遵守执行，否则将导致对其不利的法律后果。对行政系统内部的下级人员而言，抗拒上级的命令可能招致行政处分，对行政相对人而言，拒绝行政命令将招致强制执行。
行政命令分为紧急命令、职权命令和单纯命令，检疫行政命令应属于职权命名。职权命令是指各级行政机关依据其本身组织法规赋予的职权所发布的命令。职权命令的内容只能就其职权范围内的主管事项加以规定。
