一、人民检察院行使侦查权的特别规定
《刑事诉讼法》第162条规定：“人民检察院对直接受理的案件的侦查适用本章规定。”这表明，《刑事诉讼法》关于侦查的所有规定均适用于人民检察院直接受理的案件。凶此，人民检察院在讯问犯罪嫌疑人、询问证人或被害人、勘验、检查、侦查实验、搜查、查封、扣押、查询、冻结、鉴定、辨认和采取技术侦查措施等活动中，都必须遵守《刑事诉讼法》以及相关解释的规定。但是，考虑到人民检察院的性质和其直接受理的案件的特殊性，《刑事诉讼法》又对其侦查权的行使作了如下特别规定：
(一)对犯罪嫌疑人的拘留和讯问
《刑事诉讼法》第163条规定，人民检察院直接受理的案件中符合本法第79条、第80条第(四)项、第(五)项规定的情形(即犯罪后企图自杀、逃跑或者在逃的；有毁灭、伪造证据或者串供可能的)，需要拘留犯罪嫌疑人的，由人民检察院作出决定，由公安机关执行。在我国，刑事拘留权长期以来只有公安机关才能行使，但实际上人民检察院在侦查直接受理的贪污贿赂等案件时也常常会遇到犯罪嫌疑人犯罪后企图自杀、逃跑或毁灭、伪造证据等紧急情况，因此1996年修正的《刑事诉讼法》赋予了人民检察院拘留决定权，一方面符合侦查犯罪的实际需要，有利于及时侦查破案，另一方面也有利于调动检察机关的积极性，是非常必要的。但人民检察院必须依法作出拘留决定，并交公安机关执行。人民检察院对直接受理的案件中被拘留的人，应当在拘留后的24小时以内进行讯问，在发现不应当拘留的时候，必须立即释放，发给释放证明。
(二)对犯罪嫌疑人的逮捕
《刑事诉讼法》第165条规定：“人民检察院对直接受理的案件中被拘留的人，认为需要逮捕的，应当在14日以内作出决定；在特殊情况下，决定逮捕的时问可以延长1日至3日；对不需要逮捕的，应当立即释放；对需要继续侦查，并且符合取保候审、监视居住条件的，依法取保候审或者监视居住。”
《刑事诉讼法》第166条规定：“人民检察院侦查终结的案件，应当作出提起公诉、不起诉或者撤销案件的决定。”为提高办案质量，人民检察院由其侦查部门、公诉部门分别负责案件的侦查和审查起诉工作，实行内部制约。根据最高检《规则》的规定，人民检察院侦查部门侦查终结的案件应分别按照以下程序进行
(一)提出起诉意见并移送公诉部门审查
经过侦查，认为犯罪事实清楚，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的案件，侦查人员应当写}{{侦查终结报告，并且制作起诉意见书，然后报送侦查部门负责人审核、检察长批准。经检察长批准提出起诉意见的，侦查部门应当将起诉意见书，查封、扣押、冻结的犯罪嫌疑人的财物及其孳息、文件清单以及对查封、扣押、冻结的涉案款物的处理意见和其他案卷材料，一并移送公诉部门审查。国家或者集体财产遭受损失的，在提出提起公诉意见的同时，可以提出提起附带民事诉讼的意见。
(二)提出不起诉意见并移送公诉部门审查
经过侦查，认为犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的案件．侦查人员应当写出侦查终结报告，并且制作不起诉意见书，然后报送侦查部门负责人审核、检察长批准。经检察长批准提出不起诉意见的，侦查部门应当将不起诉意见书，查封、扣押、冻结的犯罪嫌疑人的财物及其孳息、文件清单以及对查封、扣押、冻结的涉案款物的处理意见和其他案卷材料，一并移送公诉部门审查。
(三)提出撤销案件意见并报请检察长或检察委员会决定
在侦查过程中或侦查终结后，发现具有下列情形之一的，侦查部门应当制作拟撤销案件意见书，报请检察长或者检察委员会决定：(1)具有《刑事诉讼法》第15条规定情形之一的；(2)没有犯罪事实的，或者依照《刑法》规定不负刑事责任或者不是犯罪的；(3)虽有犯罪事实，但不是犯罪嫌疑人所为的。对于共同犯罪的案件，如有符合上述情形的犯罪嫌疑人，应当撤销对该犯罪嫌疑人的立案。
检察长或者检察委员会决定撤销案件的，侦查部门应当将撤销案件意见书连同本案全部案卷材料，在法定期限届满7日前报上一级人民检察院审查；重大、复杂案件在法定期限届满10 日前报上一级人民检察院审查。对于共同犯罪案件，应当将处理同案犯罪嫌疑人的有关法律文书以及案件事实、证据材料复印件等，一并报送上一级人民检察院。
上一级人民检察院侦查部门应当刈’案件事实、证据和适用法律进行全面审查，必要时可以讯问犯罪嫌疑人。上一级人民检察院侦查部门经审查后，应当提出是否同意撤销案件的意见，报请检察长或者检察委员会决定。
人民检察院决定撤销案件的，应当告知控告人、举报人，听取其意见并记明笔录。撤销案件的决定，应当分别送达犯罪嫌疑人所在单位和犯罪嫌疑人。犯罪嫌疑人死亡的，应当送达犯罪嫌疑人原所在单位。如果犯罪嫌疑人在押，应当制作决定释放通知书，通知公安机关依法释放。
人民检察院直接受理立案侦查的案件，对犯罪嫌疑人没有采取取保候审、监视居住、拘留或者逮捕措施的，侦查部门应当在立案后2年以内提出移送审查起诉、移送审查不起诉或者撤销案件的意见；对犯罪嫌疑人采取上述强制措施的，侦查部门应当在解除或者撤销强制措施后1年内提出移送审查起诉、移送审查不起诉或者撤销案件的意见。
