《规定》关于知识产权合同纠纷项下第三级案由的设置，首先是一考虑按照不同类型的知识产权进行设置，其次也考虑了现行立法中与知识产权有关的合同的规定，共设置了12个第三级案由。在知识产权合同纠纷项下按照不同类型的知识产权分列著作权合同纠纷、商标合同纠纷、专利合同纠纷、植物新品种合同纠纷、集成电路布图设计合同纠纷、商业秘密合同纠纷、企业名称（商号）合同纠纷、特殊标志合同纠纷和网络域名合同纠纷等第三级案由；考虑到《合同法》第18章关于技术合同的规定和2007年5月1日起施行的《商业特许经营管理条例》的规定，将技术合同纠纷和特许经营合同纠纷也列为第三级案由。  

按照《合同法》和最高人民法院《关于审理技术合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》以及人们的惯常理解，专利合同、植物新品种合同、集成电路布图设计合同、商业秘密合同中的技术秘密合同、著作权合同中的计算机软件合同，往往都涉及技术内容，应当归入技术合同，但考虑到知识产权合同纠纷案由划分的科学性、系统性和司法统计的实用性以及过去确定有关技术合同案由的传统，也为了避免案由交又，《规定》将作为第三级案由的技术合同纠纷的范围作了进一步限缩性的规定，只包括在第136条规定的12个第四级案由，将原来规定的技术秘密转让合同纠纷案由移入商业秘密合同纠纷项下并作了进一步分解。也就是说，凡是能以其他知识产权合同纠纷确定案由的，就不再适用技术合同纠纷案由。  

《规定》在“十三、知识产权合同纠纷”项下设置的第四级案由，既考虑了有关法律对各类知识产权合同内容的具体分类（如研发或者创作、转让、许可使用等），也考虑了司法实践中案件量的多少和司法统计分析研究的需要，有的将本不属于同一分类层级的合同案由与上一层级分类案由并列。比如，技术开发合同本应直接与技术咨询和技术服务合同等并列，但为了统计需要，直接设置了技术委托开发合同、技术合作开发合同和技术转化合同纠纷3个第四级案由。根据许可使用（实施）方式，知识产权许可使用合同可以分为独占许可使用合同、排他许可使用合同、普通许可使用合同。但这种划分过细，考虑案由编排体系的统一性，《规定》未就此作出进一步的案由上的细化。  

《规定》对商标使用许可合同纠纷、专利实施许可合同纠纷和植物新品种实施许可合同纠纷案由，依据《商标法》、《专利法》和《植物新品种保护条例》的称谓采用了“商标使用许可”、“专利实施许可”和“植物新品种实施许可”的概念，对企业名称（商号）使用合同纠纷使用了“企业名称（商号）使用”的慨念在其他知识产权许可使用合同纠纷案由中均采用了“许可使用”的概念。但这种称谓上的区别在本质上并无不同。  

广义上的知识产权合同还应包括知识产权质押合同。对此，《担保法》及《物权法》对可以转让的注册商标专用权、专利权、著作权等知识产权中的财产权利出质问题都作出了明确规定。近年来，知识产权质押合同纠纷案件受理数量也呈上升趋势，修改后的《规定》增加其作为第三级案由。